전시실은 4개의 상설전시실과 백제문화단지 건립기념관, 기획전시실, 어린이체험실로 운영되고 있으며, 백제관련 500여 점의 유물과 복제품 등을 소장, 전시하고 있다.

제1전시실에서는 백제의 역사를 테마로 한성시대, 웅진시대, 사비시대, 백제부흥운동으로 나누어 전시되고 있다. 백제가 어떤 과정을 거쳐 일어나고 망했으며, 다시 나라를 세우기 위해 어떤 노력을 했는지를 보여주고 있다. 제2전시실은 백제의 문화를 테마로 백제의 성곽, 생활, 사비도성 등 백제의 삶과 문화를 보여준다. 금동대향로 극장에서는 영상과 음향을 통해 금동대향로의 사상과 조형미를 감상 할 수 있다. 제3전시실은 백제의 정신을 테마로 묘제 형식을 통해 백제인의 사후세계와 불교, 도교 등 정신세계를 보여준다. 무령왕릉, 미륵사지9층목탑을 통해 백제의 사후생활과 불교문화를 감상할 수 있다. 제4전시실 백제의 전통을 테마로 삼국문화비교, 일본 속의 백제문화 등을 통해 백제문화의 독창성과 우수성을 보여준다. 백제가 중국, 고구려와 관계를 가지면서 신라와 일본을 연결시키는 문화전파의 교량 역할을 한 내용을 보여준다.

백제문화단지 건립기념관은 ‘백제하늘아래다시서다’라는 테마 아래 백제문화단지의 착공에서 준공까지 전체건립을 기념하기 위한 전시공간으로, 건립과정 및 의의와 현장에서 공사와 관련된 수많은 공인들의 발자취와 전체 추진과정을 전시하고 있다.

교육 사업으로 수준 높은 성인문화강좌프로그램과 각종 체험프로그램이 매년 개최되고 있다. 조직은 관장 아래에 관람 지원계와 학예연구실로 구성되며 관람안내 및 시설관리, 유물 수집 및 전시업무, 수장고 관리, 해설사 육성 등의 업무를 분담하고 있다.